Ο θεσμός της ποινικής διαμεσολάβησης αφορά κυρίως τα πλημμελήματα ενδοοικογενειακής βίας, όπως ορίζονται στον Ν. 3500/2006 και τις τροποποιήσεις που έχουν γίνει με το Ν. 4531/2018. Σύμφωνα με τη νομοθεσία, ενδοοικογενειακή βία θεωρείται η τέλεση αξιόποινης πράξης σε βάρος μέλους της οικογένειας, η οποία περιλαμβάνει συζύγους, πρόσωπα που συνδέονται με σύμφωνο συμβίωσης, γονείς, συγγενείς πρώτου και δεύτερου βαθμού, καθώς και τα υιοθετημένα τέκνα.
Η ποινική διαμεσολάβηση μπορεί να ξεκινήσει στα πλημμελήματα ενδοοικογενειακής βίας μετά από έρευνα του αρμόδιου εισαγγελέα ή ανακριτικού υπαλλήλου, ο οποίος διερευνά αν υπάρχει δυνατότητα διαμεσολάβησης. Για να ξεκινήσει η διαδικασία απαιτείται ανεπιφύλακτη δήλωση από το πρόσωπο που κατηγορείται ότι διέπραξε την πράξη, στην οποία δηλώνει πρόθεση να μην επαναλάβει τη βία, να ακολουθήσει πρόγραμμα συμβουλευτικής ή θεραπείας, να αποκαταστήσει τις συνέπειες της πράξης και να καταβάλει χρηματική ικανοποίηση, αν είναι δυνατόν.
Η διαδικασία ποινικής διαμεσολάβησης διακόπτεται αν ο κατηγορούμενος δεν ολοκληρώσει το πρόγραμμα ή αν το θύμα αρνηθεί τη διαμεσολάβηση. Αν ολοκληρωθεί με επιτυχία η διαμεσολάβηση και ο ενδιαφερόμενος συμμορφωθεί για τρία χρόνια, τότε η ποινική δίωξη παύει και η ποινική αξίωση της πολιτείας εξαλείφεται.
Η ποινική διαμεσολάβηση αποτελεί υποχρεωτική δικονομική προϋπόθεση πριν από την άσκηση ποινικής δίωξης στα σχετικά αδικήματα. Αν δεν τηρηθεί αυτή η διαδικασία, η ποινική δίωξη κρίνεται άκυρη.
Τέλος, οι διατάξεις του νόμου 3500/2006 έχουν τροποποιηθεί ώστε να συμπεριλάβουν την αρμοδιότητα των ανακριτικών υπαλλήλων και να προβλέψουν τη συμμετοχή σε προγράμματα απεξάρτησης, καθώς και να θεσπίσουν ειδικές ρυθμίσεις για την αποζημίωση του θύματος, την εκπροσώπηση ανηλίκων και τη μη εφαρμογή του θεσμού σε ορισμένες περιπτώσεις, όπως όταν ο δράστης είναι επίτροπος ή ανάδοχος γονέας.